脑干肿瘤切除术手术非常难。因为脑干肿瘤切除的部位和正常组织没有明显边界，这样一来就给手术造成了很大的难度。
如果尽力要把犯病部位切除，那么难免会涉及到切除一些正常脑组织。并且在手术切除肿瘤的过程中，可能造成一些脑神经组织的受损，从而产生相应的临床症状，如出现肢体麻木、疼痛、运动不灵、语言不利等症状。
但是如果不切除病变的组织，则很有可能导致手术失败。如果切不干净复发也会更快。
即使脑干肿瘤切除手术较为顺利，肉眼可见的瘤体被全面切除，因术前瘤体的压迫已经导致局部组织坏死，相对应的机体功能当然还是难恢复的。
另外，还要看肿瘤的位置，大小等，那一般在病情适合时才可以进行手术治疗的。
还有就是因为大部分恶性脑干肿瘤切除手术后具有像割“韭菜”一样，再次增长复发的特点，所以清除的彻底性也是有难度的。
脑干肿瘤与其他肌肉瘤切除术不同，肌肉瘤一般情况下的生长位置不会像颅内那样多的神经和血管系统，人体大部分的神经元都集中在颅内，肌肉瘤一般的神经系统也不会像颅内那样的复杂，相互之间的空隙也会大一些。
颅内的手术比一般的肌肉瘤手术想比，可操作空间更为狭小，能够使用的手术设备也非常的有限，这台手术的要求极高，难度极大，手术风险极大。
本次的手术又是在脑干上发生的，现在介绍一下脑干的情况。脑干上与间脑相连，下与脊髓相连，包括中脑、脑桥和延髓。内部结构主要有神经核，上下行传导束和网状结构。脑干神经核为脑干内的灰质核团，中脑有第III、IV对的脑神经的核团，脑桥有第V、VI、VII、VIII对脑神经的核团，延髓有第Ix、x、Ⅺ、Ⅻ对脑神经的核团。除上述脑神经核以外，还有传导深感觉的中继核、薄束核、楔束核，及与锥体外系有关的红核和黑质等。
脑干传导束为脑干内的白质，包括深浅感觉传导束、锥体束、锥体外通路及内侧纵束等。脑干网状结构，脑干中轴内呈弥散分布的胞体，和纤维交错排列的网状区域，呈网状结构，其中细胞集中的地方称为网状核，与大脑皮质、间脑、脑干、小脑边缘系统及延髓，均有密切而广泛的联系。在脑干网状结构中，有许多神经调节中枢，如心血管运动中枢、血压反射中枢、呼吸中枢及呕吐中枢等，这些中枢在维持机体正常生理活动中起着重要作用。