南京在明朝初年是帝国的首都，永乐年间迁都北京以后，南京作为留都一直保留了六部、都察院等一整套与北京相对应的朝廷班底。
在留都握有实权的是南京参赞机务兵部尚书、南京守备太监和提督南京军务勋臣。
而此时的百官之首，正是南京兵部尚书史可法。
由于崇祯帝的三个儿子都未能逃到南京，在没有直系皇位继承人的情况下，南京及其附近地方的大臣们，就在拥立哪一位藩王的问题上展开了一场贝心斗角的争执。
以血统亲近而言，福王朱由崧、惠王朱常润、桂王朱常瀛，神宗兄弟的儿子则有潞王朱常淓。
按照封建伦序观念，自然应该首先考虑福王、桂王、惠王。而在福、桂、惠三王中朱由崧又处于优先地位。
当时路振飞就向史可法建议立福王，然而，江南士绅中的一部分东林党人却强烈反对由福藩继统。
作为实权人物的史可法，他因是东林党人左光斗的门生，自然对东林党特别看中，又担心舍亲立疏将引起更大的政治风波。经过反复考虑，他暗自决定前往浦口同凤阳总督马士英商量在桂王与福王之中选定一人。
最后他又想了个折中方案，选广西的桂王，并以他清流君子之成见，说了福王七条不可立的理由。
就在这一关键时刻，马士英由浦口回到凤阳，突然得到报告守备凤阳太监卢九德勾结总兵高杰、黄得功、刘良佐决定拥立福王朱由崧。
马士英立即以凤阳总督和三镇名义正式致书南京守备太监韩赞周宣布拥立福王朱由崧。
为了取得在即将建立的南明朝廷首席大学士职位，他抓住史可法为拥立桂王而列举福王七不可立的来信作为把柄，又针对南京等地东林党人拥潞之声甚嚣尘上，带领兵马护送朱由崧直抵浦口，并且在立福已成定局的情况下发出表文声称：
“闻南中有臣尚持异议，臣谨勒兵五万，驻扎江干，以备非常，志危险也。”
南京的史可法等人手中无兵，拥立的桂王又远在广西，只好屈从了马士英。
就任监国之后，朱由崧依照廷臣会推，任命原南京兵部尚书史可法为东阁大学士兼礼部尚书，入阁办事；马士英加东阁大学士、兵部尚书、右副都御史衔，仍任凤阳总督。
马，史二人自动卷入了权利斗争的漩涡，由于监国朱由崧不愿管事，任由拥立他的马士英操持。
史可法觉得自己指斥福王的把柄落在马士英手里，现在马士英既以“定策”首功备受朱由崧青睐，被召入阁辅政，自己又不受朱由崧待见。
他以江北不能没有重臣督师为由，“自请督师淮扬”，主动离开权利斗争中心。
当时江北有四镇，弘光朝廷决定封高杰为兴平伯，镇守徐州、泗州地区；刘良佐封广昌伯，镇守凤阳、寿州地区；刘泽清封东平伯，镇守淮安、扬州地区；靖南伯黄得功加封侯爵，镇守滁州、和州一带。
再加宁南伯左良玉，方国安，郑芝龙等其他各军，当时明朝纸面上还有不少军队。
当时北方有大顺和大清两股势力，采用何种策略成为了弘光朝廷的第一要务。
但是在弘光立国的一年时间里，特别是在其前期，朝廷上下几乎全都沉浸在借用满洲贵族兵力扫灭“流寇”的美梦中，可以说“联虏平寇”是弘光朝廷的基本国策。
史可法也是出此策略的阁部，他们还对北方的吴三桂加官进爵，对农民军方面则是势不两立。
史可法骨子里就对流寇有着阶级对立的偏见，从后来江北四镇的高杰之死可以看出来。
高杰北上出征准备进攻大顺，结果不知情的情况下，意外被已经投降清的许定国诱杀。
他手下的三万将士群龙无首，高杰的夫人请史可法收高杰的儿子为义子，继续统领大军。可惜史可法觉得他们是流寇出生，心中有洁癖的他不想沾染污点，坚决不同意。
后来清军南下时，高杰手下的军队都投降清军了，史可法也战死扬州，后人将他的衣冠，葬在扬州的梅花岭。
清军在扬州屠城十日，随后南下，从瓜州渡过长江，进入南京，弘光朝廷灭亡。